På HUS har fullmäktige den högsta beslutanderätten. De 24 medlemskommunerna i sjukvårdsdistriktet och Helsingfors universitet väljer sammanlagt 55 ledamöter till fullmäktige för kommunalvalsperioden.
HUS leds av en styrelse som lyder under fullmäktige och som fullmäktige utser för sin mandatperiod. Dessutom utser Helsingfors universitet två styrelseledamöter.
HUS operativa verksamhet leds av verkställande direktören.
