Koronaepidemia ei pysäyttänyt biopankkitoimintaa, päinvastoin: Helsingin Biopankin aineistoja hyödynnettiin vuonna 2020 ennätysmäärin.
Biopankkimme sai aineiston esiselvityspyyntöjä 105, mikä on enemmän kuin koskaan aiemmin. Aineistoluovutussopimuksiksi näistä eteni 32, joka myös ylitti edellisvuoden lukeman. Kaksi näyteluovutusprojektia liittyi koronavirustutkimuksiin, joiden käynnistämiseen osallistuimme muutenkin aktiivisesti. Aineistojen käyttö ei hidastunut vuoden mittaan missään vaiheessa ja näytetoimituksia teimme tutkijoille keskimäärin kaksi kertaa viikossa.
FinnGen-geenitutkimushankkeesta palautunut jo 35 000 henkilön tiedot
Toimitimme vuonna 2020 yli 24 000 DNA-eristettyä näytettä FinnGen-hankkeelle. Kaikkiaan Helsingin Biopankista on lähtenyt tähän mennessä FinnGeniin 78 000 näytettä. Näistä biopankkiin on palautunut jo 35 000 näytteenluovuttajan genotyyppitiedot, joita hyödynnetään edelleen jatkotutkimuksissa.
FinnGen-hanke eteni menestyksellisesti ja hankkeen toisen kolmivuotiskauden yhteistyösopimus allekirjoitettiin suomalaisten biopankkien, sairaanhoitopiirien, Helsingin yliopiston ja yhdentoista kansainvälisen lääkeyrityksen kanssa. FinnGenin lisäksi solmimme aineistonluovutussopimukset seitsemään yritysten tutkimusprojektiin. Yritysten kiinnostus biopankkiaineistoihin siirtyi ilahduttavasti pelkistä kyselyistä konkreettisiin tekoihin viime vuonna ja sama kehityssuunta on nähtävissä myös jatkossa.
FinnGenin lisäksi toimitimme Helsingin Biopankista tutkijoille ennätysmäärän kudosnäytteitä, yli 11 000 kappaletta, vuonna 2020. Helsingin Biopankki kehitti samalla aktiivisesti aineistojen jalostusprosesseja. Pystymme nyt tarjoamaan esimerkiksi PBMC-solueristystä palveluna tutkija-asiakkaille.
Kehitimme vaativien asiakasprojektien data-analytiikkaa
Kehitimme vuonna 2020 data-analytiikkaa vaativissa asiakasprojekteissa, joissa sovellettiin muun muassa tekstinlouhintamenetelmiä. HUSin tietoaltaan aineistot ja työkalut olivat biopankissa aktiivisessa käytössä, koska lähes kaikki aineistopyynnöt vaativat kohortinmuodostusta usein monimutkaisten lääketieteellisten kriteerien mukaisesti.
Aineistojen tiedustelut ohjataan kaikki FinGenious-portaalin kautta, jota ylläpitää Suomen Biopankkiosuuskunta FinBB, ja joka jatkokehittää sitä yhdessä biopankkien kanssa. Toimitamme myös rutiiniluontoisesti FinGenious-palvelun katalogiin aineistomme saatavuustietoja.
Genomitiedon jatkokäyttöä
Biopankin tutkimus- ja kehitystoiminta keskittyi palautuvan genomitiedon jatkokäyttöön, patologian arkistonäytteiden hyödyntämiseen genomianalyyseissä sekä yhteistyöhankkeisiin, joissa kehitetään harvinaissairauksien diagnostiikkaa tiedonlouhintaa ja biopankkinäytteitä hyödyntämällä.
Yhteistyössä HUSin genetiikan yksikön ja Syöpäkeskuksen kanssa käynnistettiin hanke, jossa selvitetään FinnGen-tutkimuksesta biopankkiin palautuvan tiedon hyödyntämistä syövän alttiusgeenien tunnistamisessa, löydösten varmistamisessa sekä tiedon palauttamisessa näytteen luovuttajille. Helsingin Biopankki osallistui myös koronavirustutkimuksiin ja rakensi tietokantaa HUSin 100 yleisimmän taudin erityispiirteiden tunnistamiseksi.
Suostumusten ja näytteiden keräys hiipui
Biopankkisuostumusten ja -näytteiden keräys Helsingin Biopankin toiminta-alueella jäi koronavirusepidemian ja Apotin käyttöönoton jalkoihin. Sähköisiä suostumuksia tuli yhä enemmän ja kehitimme suostumusten käsittelyä siten, että laboratoriolähete pystytään tuottamaan sähköisestä suostumuksesta automaattisesti. Saimme toteutettua biopankkitoiminnallisuuksia myös Maisa-potilasportaaliin sekä Apottiin.
Organisoimme julkisuuskampanjoita TV:ssä ja radiossa keväällä ja syksyllä, joista erityisesti kevään valtakunnallinen Annatko luvan -kampanja tuotti suuren vyöryn sähköisiä suostumuksia. Uusien biopankkinäytteiden määrä jäi kuitenkin hieman vuoden 2019 tasosta alle 30 000:een. Biopankin suurimpana haasteena onkin edelleen saada biopankkisuostumusten ja -näytteiden keräys osaksi sairaanhoidon palveluprosessia.