Ungefär 20.000 coronavirusgenom sekvenserade inom HUS område

Vid sekvensering fastställs den exakta bassekvensen i virusets arvsmassa, så att man kan iaktta virusstammarnas genetiska mutationer. Från HUS område väljs varje vecka ungefär 400 coronavirusprover ut för sekvensering genom systematiskt urval. Från andra delar av Finland skickas 400–600 prover insamlade av THL. Inom HUS område har tillsvidare 20.000 koronavirusgenom sekvenserats. I hela Finland har över 35.000 sekvenseringar utförts.  

Med hjälp av sekvenseringen får vi t. ex. reda på vilka koronavirusstammar som är rådande vid en viss tidpunkt. Ännu förra året kom en betydande del av proven från gränsen. Idag härstammar de flesta proverna från den offentliga sektorns coronatester. 

"I Finland ligger mängden coronavirussekvenseringar på europeisk genomsnittsnivå", berättar ansvarsområdesdirektör Maija Lappalainen vid HUS Diagnostikcentrum. 

Mängderna har ökat sedan början av coronaviruspandemin. Då coronavirusets första variant, alfa, utvecklade sig började man samla in prover regelbundet. Det tar ungefär en vecka att samla in proverna och analysen räcker ytterligare en vecka. 

Framtida utsikter för sekvensering

Före coronaviruspandemin utfördes sekvensering i Finland vanligen som en del av medicinsk forskning. I framtiden kan sekvensering av mikrober spela en stor roll också då patienter undersöks.  

"Vid diagnostisering av smittsamma sjukdomar kommer troligen sekvensering i fortsättningen att användas allt mera", säger Lappalainen. 

För tillfället är det ännu ovanligt att använda sekvensering inom patientvården. 

Prov insamlade av HUS och THL behandlas och skickas sedan utan patientdata till Institutet för molekylärmedicin i Finland (FIMM) för att sekvenseras i dess stora sekvenseringsmaskin. Institutet skickar vidare rådata. Genom att analysera rådata upptäcker man nya coronavirusmutationer samt lär sig förstå hur de fungerar. 

Dataanalysen utförs med CSC – Tieteen tietotekniikan keskus superdatorer. HUS och Helsingfors universitet samarbetar gällande analysen. Forskare Teemu Smura Vid Helsingfors universitet analyserar rådata genererat av sekvenseringen  som en med HUS forskningsfinansiering avlönad forskare. 

"Jag tror att pandemin har avslöjat värdet av genetisk uppföljning av virus. I flera länder, förhoppningsvis också i Finland, utvidgas uppföljningen av virusgenom till luftvägsvirus som t.ex. influensavirus", säger Smura.  

Trots att coronaviruspandemin skulle avta, kommer sekvenseringsresurser fortsättningsvis att behövas. 

"I framtiden behövs även kapacitet för oväntade situationer", påminner Smura. 

För lite sekvensering görs i fattigare länder

Den anonyma genominformationen som hittas via dataanalys skickas från Finland till en databas. Till denna databas skickar i praktiken alla världens sekvenseringslaboratorier sina genom. Databasen innehåller redan ungefär 8,5 miljoner coronavirusgenom. 

I grunden utförs sekvensering på samma sätt överallt i världen. Den stora frågan är var i världen sekvensering i framtiden utförs och i hur stor utsträckning. 

"För tillfället görs massiv sekvensering i praktiken i de rika västländerna. Det allra klokaste sättet att använda resurser skulle dock vara att fördela sekvenseringen till fattigare länder. I dessa förekommer rikligt med infektioner och därför sker också de mest bekymrande förändringarna i virusets genom i de fattigare länderna", säger Smura.

Mera information för media:

Kontaktuppgifter till HUS medietjänst