HUSissa käyttöön uusi menettely virusvarianttien tunnistamiseksi
Asiasanat:Kaikista PCR-positiivisista koronanäytteistä selvitetään, onko kyseessä varianttivirus.
Käytössä olevat korona-PCR-menetelmät tunnistavat uudet koronaviruksen variantit, mutta ne eivät pysty erottamaan virusvariantteja alkuperäisestä villityypin viruksesta. Villityypin virukset ja variantit siis kaikki näyttäytyvät PCR-menetelmällä tutkittaessa positiivisena näytevastauksena.
Varianttien seulomiseksi tarvitaan lisätutkimuksia. Virusvarianttien tunnistaminen on tärkeää, koska ne voivat tarttua ja levitä aiempaa nopeammin. HUSLABissa on käytössä kaksi menettelytapaa virusvarianttien tunnistamiseksi.
Britannian, Etelä-Afrikan, Brasilian virusvarianteille on yhteistä mutaatio N501Y viruksen piikkiproteiinia (S-proteiinia) koodaavassa geenissä.
HUSissa on jo vuoden alusta lähtien suuresta osasta korona-PCR-positiivisista näytteistä tarkasteltu, onko kolmesta tutkitusta kohdegeenistä S-geeni jäänyt negatiiviseksi. Löydös vastataan tuloksella ”SGTF” (S gene target failure)” ja löydös voi viitata kliinisesti merkityksellisen virusvariantin mahdollisuuteen. Suurimmassa osassa SGTF-näytteitä on toistaiseksi todettu N501Y-mutaatio eli STGF löydös viittaa vahvasti siihen, että tartunnan aiheuttaneessa viruksessa on variantti.
4.2.2021 alkaen virusvarianttien tutkiminen laajeni HUSLABissa kaikkiin positiiviseksi todettuihin näytteisiin.
Suurimmasta osasta (75 %) positiivista näytteistä tarkastellaan edelleen SGTF ja tulos ilmoitetaan noin vuorokauden kuluessa PCR-testivastauksen saamisesta. SGTF-näytteet ohjataan sekvensointiin. Sekvensointitulos valmistuu noin 2-3 viikon kuluessa eli tällöin saadaan lopullinen varmistus variantista.
Loput (25 %) PCR-positiivisista näytteistä ohjataan mutaatioseulonta-PCR-tutkimukseen. Tässä tutkimuksessa näytteestä määritetään, onko viruskannalla mutaatio N501Y. Tulos saadaan noin kahden vuorokauden kuluessa positiivisen testivastauksen saamisesta. ”Tässä vaiheessa siis tiedetään, että näytteessä on kyseinen mutaatio, mutta ei vielä sitä mistä virusvariantista on kyse. Kaikki näytteet, joissa todetaan N501Y-mutaatio, ohjataan vielä sekvensointiin virusvariantin selvittämiseksi”, kertoo ylilääkäri Maija Lappalainen HUS Diagnostiikkakeskuksesta.
Virusvarianttien aiheuttaman tartunnan saaneiden tunnistus ja tartuntaketjujen nopea katkaisu on erittäin tärkeää. ”Näillä menettelytavoilla saadaan tieto mutaatioepäilystä parin päivän sisällä positiivisesta testivastauksesta ja tutkimalla kaikki positiiviset näytteet saamme kattavasti tietoa variantin esiintymisestä HUS-alueella. Tällä on vaikutusta tartunnanjäljittäjien työhön sekä eristys- ja karanteenikäytäntöihin”, sanoo diagnostiikkajohtaja Lasse Lehtonen.