HUSin alueelta sekvensoitu noin 20.000 koronaviruksen genomia
Asiasanat:Sekvensointia tarvitaan, vaikka koronaviruspandemia hiipuisikin. Tulevaisuudessa mikrobien sekvensointi saattaa olla suuressa roolissa myös potilaita tutkittaessa.
Sekvensoinnissa määritetään viruksen perimän tarkka emäsjärjestys, jolloin voidaan havaita viruskantojen geneettinen muuntelu. HUSin alueelta valikoidaan viikoittain sekvensoitavaksi satunnaisotannalla noin 400 koronavirusnäytettä. Muualta Suomesta saapuu THL:n keräämänä 400–600 näytettä. HUSin alueella on sekvensoitu noin 20.000 koronaviruksen genomia tähän mennessä. Koko Suomessa sekvensointeja on tehty yhteensä yli 35.000.
Sekvensoinnin avulla saadaan esimerkiksi selville, mitkä koronaviruskannat ovat vallalla minäkin ajankohtana. Vielä viime vuonna huomattava osa näytteistä tuli rajalta. Nyt näytteet tulevat pääosin julkisen sektorin koronatestauksista.
"Koronavirussekvensoinnin määrä on Suomessa eurooppalaista keskitasoa", kertoo HUS Diagnostiikkakeskuksen vastuualuejohtaja Maija Lappalainen.
Määrät ovat kasvaneet koronaviruspandemian alkuajoilta. Kun koronaviruksesta kehittyi ensimmäinen variantti, alfa, alettiin näytteitä kerätä säännöllisesti. Näytteiden kerääminen kestää noin viikon, ja tämän jälkeen analyysi vie noin toisen viikon.
Sekvensoinnin tulevaisuuden näkymiä
Sekvensointia tehtiin ennen koronaviruspandemiaa Suomessa enimmäkseen osana lääketieteellistä tutkimusta. Tulevaisuudessa mikrobien sekvensointi saattaa olla suuressa roolissa myös potilaita tutkittaessa.
"Tartuntatautien potilasdiagnostiikassa hyödynnetään jatkossa todennäköisesti entistä enemmän sekvensointia", Lappalainen sanoo.
Tällä hetkellä sekvensoinnin käyttö potilastyössä on vielä poikkeuksellista.
HUSin ja THL:n keräämät näytteet käsitellään ja lähetetään sitten ilman potilastunnistetietoja sekvensoitavaksi Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) suureen sekvensointikoneeseen. Instituutista lähetetään eteenpäin raakadata, jota analysoimalla esimerkiksi huomataan uudet koronavirusmuunnokset sekä opitaan ymmärtämään niiden toimintaa.
Data-analyysi tehdään CSC − Tieteen tietotekniikka keskuksen supertietokoneilla. HUS ja Helsingin yliopisto tekevät asiassa yhteistyötä. Tutkija Teemu Smura analysoi sekvensoinnin tuottamaa raakadataa Helsingin yliopistossa HUSin tutkimusrahoituksella palkattuna tutkijana.
"Uskon, että pandemia on osoittanut virusten geneettisen seuraamisen arvon. Monessa maassa, toivottavasti myös Suomessa, virusgenomien seurantaa laajennetaan muihinkin hengitystieviruksiin, kuten influenssaviruksiin", Smura sanoo.
Vaikka koronaviruspandemia hiipuisi, sekvensointiresursseja tullaan tarvitsemaan edelleen.
"Tulevaisuudessa tarvitaan myös kapasiteettia odottamattomiin tilanteisiin", Smura muistuttaa.
Sekvensointia tehdään liian vähän köyhemmissä maissa
Data-analyysin avulla löydetty anonyymi genomitieto lähetetään Suomesta tietokantaan, jonne käytännössä kaikki maailman sekvensointilaboratoriot lähettävät genominsa. Tietokannassa on jo noin kahdeksan ja puoli miljoonaa koronavirusgenomia.
Sekvensointi tehdään pohjimmiltaan samalla tavalla kaikkialla maailmassa. Suuri kysymys onkin, missä päin maailmaa tulevaisuudessa sekvensoidaan ja kuinka paljon.
"Tällä hetkellä massiivista sekvensointia tehdään käytännössä rikkaissa länsimaissa. Kaikkein järkevintä resurssien käyttöä olisi kuitenkin jakaa sekvensointia köyhempiin maihin. Köyhemmissä maissa esiintyy runsaasti infektioita, ja siksi myös huolestuttavimmat muutokset viruksen genomissa tapahtuvat niissä", sanoo Smura.
Lisätietoja medialle: