HUS:in tehtäviin kuuluu huolehtia siitä, että Helsingin yliopiston lääketieteellinen tiedekunta voi käyttää kuntayhtymän sairaaloita opetukseen ja tutkimukseen. Lääkäri- ja hammaslääkärikoulutusta ja erikoissairaanhoidon terveystieteellistä tutkimusta HUS:ssa rahoitetaan sosiaali- ja terveysministeriön myöntämällä erityisvaltionosuudella (evo). Lääketieteen ja hammaslääketieteen perusopetusta saa vuosittain noin 430 opiskelijaa ja erikoislääkärikoulutusta noin 670 lääkäriä ja hammaslääkäriä. Pääkaupunkiseudun ammattikorkeakoulujen kanssa tehdään aktiivista yhteistyötä ja käytännön opetusta HUS:n eri sairaaloissa saa vuosittain lähes 4000 opiskelijaa. Hoitotieteen ja terveyshallintotieteen opetus- ja tutkimusyhteistyötä tehdään koulutusta antavien yliopistojen kanssa.

HUS:n kilpailutettua erityisvaltionosuusrahoitusta voidaan hakea sairaanhoitopiirin yliopistotasoiseen tutkimustoimintaan. Jakoperusteita ovat tutkimuksen tieteellinen taso ja merkitys erikoissairaanhoidolle. Tutkimustoiminnassa vastuuhenkilöt ovat HUS:n henkilökuntaa. Tutkimus- ja opetusyhteistyötä tehdään muiden sairaaloiden, korkeakoulujen, ammattikorkeakoulujen ja perusterveydenhuollon kanssa.

HUS osallistuu Suomen Akatemian terveydenhuollon tutkimusohjelmaan ja HUS:ssa toimii Suomen Akatemian huippuyksikkö. HUS:n sairaaloissa tutkimustyötä tekevät henkilöt voivat saada ulkopuolista tutkimusmäärärahaa esim Suomen Akatemiasta ja eri säätiöistä. HUS:n henkilökunta osallistuu lääketutkimuksiin. Kaikki HUS:ssa harjoitettava tutkimustoiminta on luvanvaraista.